医院新生儿科成立于1980年，现为国家级临床重点专科、首批全国新生儿围产医学专科医师培训基地、首批国家围产新生儿保健特色专科建设单位、国家临床重点专科围产医学专科联盟主任委员单位、全国新生儿专科医联体副理事长单位、 重庆市市级危重新生儿救治中心等。现开放床位310张，有新生儿重症监护室、新生儿家化病室、新生儿普通病室及新生儿专科门诊。年住院病人10000余人次，专科门急诊近10万人次，120转运危重新生儿2500余人次，是整体规模全国领先的新生儿诊疗中心。

科室现有医护人员310名，专科医生53名，专科护士257名。正高9名,副高10名；博士研究生导师2名，硕士研究生导师13名，博士19名，硕士37名。拥有国内最先进的危重新生儿转运及抢救设备，在新生儿内科疾病、危重症、超小早产儿综合救治及新生儿外科围手术期监护方面具有丰富的临床经验；联合其他学科开展ECMO、CRRT、脐带间充质干细胞移植等危重新生儿救治技术，成效显著。科室拥有专业的新生儿疾病实验室，科研主攻方向为无创呼吸支持、细菌感染和黄疸等领域。获重庆市科技成果二等奖4次，三等奖7次，先后承担并完成国家自然科学基金项目课题16项，省部级科研项目22项，厅局级项目17项，“863”国家科技支撑计划国内科研合作项目1项，其他国内科研合作项目2项。发表论文400余篇，其中SCI 100余篇，单篇影响因子最高达25.071。参编著作及教材40余部，获国家发明专利1项，国家实用新型专利20余项，培养博士后1名、博士研究生20多名、硕士研究生120多名。